作中で死亡してしまうキャラクター
正宗
摩理之介が飼っていた熊。キノコに寄生されてしまい人里を荒らす怪物と化したため、銀時らとともに摩理之介に狩られ死亡した。
道信
廃寺の和尚。天導衆に腕を見込まれ、地下闘技場「煉獄関」で最強を誇る闘士鬼道丸として賭け試合に出場していくも、銀時と接したことで「子供たちに胸を張って父親と言える男になりたい」と思うようにあり、養っていた孤児たちとともに煉獄関から足を洗おうとするが、馬車での移動中に天導衆からの刺客鬼獅子に襲われ死亡した。
定春28号
神楽が飼っていたフンコロガシ。沖田のサド丸21号に相撲で敗れ死亡した。
瑠璃丸
徳川茂茂のペットのカブトムシ。茂茂が別邸で過ごした際に逃してしまったようで真選組が捜索に出るが、鉢合わせた銀時によって事故的に踏み潰され死亡した。
村田鉄矢
村田仁鉄の息子の刀匠。紅桜を機械と融合させ、使用者の体内に寄生して戦う生きた刀として改造し鬼兵隊に手を貸す。紅桜に侵食され暴走する似蔵の攻撃から妹の鉄子をかばって致命傷を負い、妹の鉄子だけは捨て切ることはできなかったことを悟りながら、鉄子に「良い鍛冶屋になれ」という言葉を残し死んでいった。
岡田似蔵
鬼兵隊の一員。紅桜に支配され暴走するも銀時に倒される。その後の消息は不明だったが、万斉の死に際で他の死んだ鬼兵隊隊士と共に登場していたので死亡していることが明らかになった。
蔵場当馬
転海屋を経営する商人。ミツバの婚約者だが、裏では攘夷志士との間に黒い繋がりがあり、実際は真選組と手を結ぶために隊長格の縁者であるミツバと婚約したに過ぎず、ミツバも金儲けの道具としか見ていなかった。攘夷志士との裏取引をしている最中に単身乗り込んできた土方に本性を露わにし部下に交戦を命じ、真選組が加勢にくると逃走を図るが、沖田に乗っていた車ごと一刀両断され、爆発炎上する車の中で燃え尽きていった。
沖田ミツバ
沖田総悟の姉。肺を患っておりすでに長くはなかったようで、江戸に来てから容態が悪化し、沖田らが蔵場を成敗した後、総悟に「あなたは私の自慢の弟」と伝え息を引き取った。
目黒
芙蓉プロジェクト副主任の博士。流山を殺害しプロジェクトを独占しようとするも、伍丸弐號の正体が流山であることに気づけず、計画途中で伍丸弐號に体を貫かれ死亡した。
伍丸弐號
流山が自らの命と引き換えに自身のデータを組み込んで作り出した機械。流山のデータ中にあった「愛娘の芙蓉を失った寂しさ」によって暴走し、流山が生前に発明した家政婦機械を大量増産し、機械が支配する世の中を作ろうと江戸の中枢であるターミナルを占拠する。が、万事屋に阻まれ計画は失敗に終わり、最後は芙蓉との思い出を胸に銀時にターミナルのエネルギー中枢に叩き込まれ消滅した。
伊東鴨太郎
真選組の参謀。真選組の実権を握るため、鬼兵隊と繋がり真選組でも伊東派を付けた上、列車内で近藤の暗殺を企ていく。が、土方や沖田に阻まれ、伊東は鬼兵隊に真選組を同士討ちで消耗させ壊滅させるための捨て駒として利用していただけだったことが判明。用済みとなると列車事故という形で始末されるも、近藤ら真選組によって助けられ、そこで自分の本心、そして一番欲しかった「絆」をも自ら手放そうとしてしまった愚かさに気づいていく。その後、鬼兵隊の銃撃から近藤らをかばって致命傷を負い、最期は伊東が助からなかったこともあり、近藤の「裏切り者ではなく真選組の隊士として死なせてやりたい」という計らいで土方との決闘で倒され、真選組の仲間に囲まれながら死んでいった。
魔死呂威下愚蔵
魔死呂威組組長。病に冒されており、銀時らが来たタイミングで容態が悪化し病死した。
中村京次郎
魔死呂威組若頭。鬱蔵を死なせてしまったことに責任を感じ、密かに鬱蔵の亡骸を埋葬し、下愚蔵に死を悟られないように工作していく。そのため「組長の息子を殺した」というデマも広がり、下愚蔵の死後魔死呂威組次期組長に選ばれ襲名披露が行われるが、ただの建前で始末しに集まった極道たちに襲われる。銀時とともに組員らと戦い逃亡には成功するが、途中浴びた銃撃が致命傷となり、下愚蔵の墓の前で息絶えた。
徳川家康
徳川家康の亡霊。仙望郷に湯治に出向き、銀時らのもてなしがあまりに楽しく成仏していった。
明智光秀
明智光秀の亡霊。仙望郷に現れ、銀時らの宴会に充足感を得ると信長に「本能寺すいませんでした」と謝り成仏していった。
織田信長
織田信長の亡霊。仙望郷の湯に現れ、銀時らの宴会で充足感を得た明智光秀の成仏前の「本能寺すいませんでした」と謝罪によって未練がなくなり、「アルマゲドンツタヤに返しといて」という遺言を秀吉に遺し成仏した。
豊臣秀吉
豊臣秀吉の亡霊。仙望郷の湯に現れ、神楽に「ジャン＝クロード・ヴァンダムと間違えました」と言われたことでこの世の未練がなくなり成仏しかかり、最期は妙に「君芸能人に似てるとかよく言われない！？」という言葉で喜ばせ成仏させようとするが、まったく動じない妙に踏み潰され成仏させられた。
TAGOSAKU
お岩の夫の霊で最強のスタンド。お岩に宿り仙望郷の客を成仏させた銀時と交戦。ザビエルの唐突の狙撃でお岩が敗れると、お岩や仙望郷を守るためTAGOSAKU自身がすべての魂を吸収し暴走していく。が、霊たちに救われていたことに気づいたお岩の感謝の言葉とともに流れた涙を浴びたことで成仏していった。
グリリン
小林の仲間。おそらくブリーザに殺された。
金太郎
星喰という寄生腫Xに寄生された老犬。地球侵略を目論むが母親の胎の中で死にかけてた雑種犬に宿ってしまい、そこから18年間犬小屋に封印され地球征服に着手できない日々が続く。飼い主の寿命を待ち、ついに入院したことで解放されるが、自身も老犬となり寿命が迫ってきていた。が、共に過ごす中で「恐怖の大王なんかよりてめーのダチ公になりたくなっちまってたんだよ」と思うようになり、最期は病院を抜けてきた飼い主とお互い満身創痍の中散歩をし、お互い「先にくたばりやがれ」と思い合いながら共に逝った。
云業
宇宙海賊春雨第七師団団員の夜兎族。阿伏兎と共に鳳仙と神威の戦いを止めた際に神威に鎧ごと胸を貫かれ死亡した。
鳳仙
吉原桃源郷の楼主を務める夜兎族の男。晴太を日輪に会わせるために乗り込んできた坂田銀時と交戦。圧倒的な力で銀時を叩きのめしていくが、月詠たち百華の加勢もあり苦戦を強いられていく。そして、晴太が吉原のハッチを開いたことで太陽の光を浴びてしまい弱体化。銀時の一撃で吹っ飛ばされ、完全に日光に照らされ身動きが取れなくなり敗北。最期は日輪に「あなたはただこうして日向で居眠りしたかっただけの普通のおじいちゃんなのよね」と言われながら、安らかに死んでいった。
獏大魔王
電脳ウィルス。たまに寄生しシステムを完全に掌握するも、たまを救うべく白血球王とともに現れた銀時一行と交戦。たまの高度な機械技術を食らい尽くし超進化した姿で圧倒していくが、白血球王の自らの生命エネルギーをすべて放出した反撃と銀時の一撃の前に敗れ消滅した。
地雷亜
初代百華頭領。月詠を攫い、月詠の心の拠り所となっている吉原や仲間らを葬るために吉原に火を放つも、それを阻止しにきた銀時と交戦。月詠を自身と同じ道に引きずりこもうとする師あるまじき姿に激怒した銀時の前に敗れ、背後から月詠のクナイで刺され致命傷を負う。最期はこれまでの行いを月詠に詫び、月詠に亡き妹の姿を重ねながら息絶えていった。
六角宗春
六角屋の主人。六角事件で六角屋に潜伏中の創界党が沖田ら真選組に急襲されると、正体は創界党の一員であり、近づいてきた神山に斬りかかるも返り討ちにされ死亡した。
米堕
蓮蓬の指導者。地球を侵略しようとするも、銀時らや快援隊、桂、江蓮に阻まれる。蓮地同盟を組んだ蓮蓬の艦隊による一斉射撃と銀時による一撃を浴びるが、蓮蓬母艦中枢システム「SAGI」という正体を明かし星を巨大な蓮蓬に変形させ立ちはだかる。快援隊も艦隊を合体させ超商船隊ロボカイエーンを繰り出し、戦いの最中にフミ子によって母艦内の中枢を破壊され、最期はカイエーンや艦隊の一斉射撃によって完全に破壊された。
徳川定々
先代の十三代目将軍であり、茂茂の伯父。朧をもってしても銀時らを退けることができず、茂々の将軍の座を辞す覚悟で逃亡も阻止され、過去の数々の謀略を暴かれ失脚し投獄される。その後、天導衆に扮した高杉によって暗殺された。
鈴蘭
吉原の伝説の花魁。定々の一件の後、約束の地で舞蔵に看取られながら死んでいった。
尾美一
志村新八、志村妙の実家である恒道館道場の元塾頭。志村妙の前に現れ、道場の塾頭となり道場再興の協力を申し出るが、実際尾美としての自我はほとんどなく、機械化した半身によって生命を維持しているだけで、ケノフィ（兵器名）が尾美を装っているだけだった。組み込まれている限起動型星間波動ビーム砲を地球から放ち、宇宙大戦争を引き起こそうとするが、銀時に阻まれ最後はお妙立ち会いの下での新八との対決で尾美としての自我を取り戻していく。新八に敗れると、毘夷夢星の母艦に向けてビーム砲を発射し自爆し死亡した。
マガナギ
「魔剣」と評される大業物のエクスカリバー星人。使い手となった沖田を器にしよとするも支配しきることができず、クサナギを持つ銀時との斬り合いによって相打ちという形で消滅していった。
クサナギ
エクスカリバー星人。鞘を求め鉄子の鍛冶屋に来たところに現れた銀時の尻を一時的な鞘とし、新たな鞘を探していたところ沖田が妻である鞘子を鞘としていることを発見。銀時はクサナギから解放されるため、「俺ん剣とお前の剣、どっちがその鞘にふさわしい剣か真剣勝負しようじゃねーか」と沖田に決闘を申し込む。沖田はクサナギの因縁の相手魔剣マガナギを手にしており、マガナギを掌握した沖田との斬り合いの中で相打ちという形でクサナギは消滅していく。最期は鞘子も眠っているであろう鉄の中で消滅していった。
十八代目池田夜右衛門
十八代目池田夜右衛門で十六代目の実子。当主だった父を粛清した後、朝右衛門を謀反人として追放し当主の座に就き、一橋派に取り入るため当時が夜右衛門が逃がした銀時を一橋派に売っていく。「公儀処刑人池田夜右衛門の名を汚した」ということで、朝右衛門に歯向かわれ、朝右衛門と銀時の前に敗れる。朝右衛門のことを認めると一橋派の追手から銀時らの逃亡を手助けし、最期は喜喜に首を刎ねられ死亡した。
影丸
御庭番衆の一人。茂茂を死んだように見せるため、茂茂の影武者となり全蔵に首を刎ねられ死亡した。
徳川茂茂
天導衆による次代将軍は一橋喜々が就くことを宣言されるも、天導衆や喜々と対立。京都にて新政権を樹立することを目指し、幕府を追われたかつての忠臣たちを集うが、そこにやって来た友之助に毒針で刺され、最期は将軍ではなくただの一人の人間に戻れることを喜びながらそよの膝の上で死んでいった。
佐々木異三郎
見廻組局長。黒縄島からの脱獄を図る近藤らを抹殺するべく、舞台を率いて黒縄島に乗り込み交戦。が、自身の計画を悟った奈落が参戦したことで三つ巴の混戦となり、近藤らと共闘していく。近藤の言葉で自身が信女を亡くなった娘に重ねていたことに気づき、満身創痍になりながらも再会した信女と共に船で脱出を図る。が、やられていたと思われていた敵兵の奇襲から身を挺して信女をかばったところに、敵の砲撃が船に直撃し、足場が破壊され落下していく。「信女さん、メールやっと届きましたよ」と満足気な顔を浮かべながら船から落下し、死んでいった。
獅嶺
春雨第一師団団長。烙陽での戦いで星海坊主と交戦しようとするも、突如現れた神楽に両断され死亡した。
朧
天照院奈落の首領格の男。烙陽決戦篇で、度重なる戦闘で幾度も致命傷を負ったことで不死の血をもってしても限界を迎えており、その中で弟弟子である高杉の前に立ちはだかり交戦。高杉に敗れると不死の血も枯れ果て、高杉に虚の正体と目的を伝え、「虚を倒せ」と遺言を残し死んでいった。遺体は高杉に引き取られ、松下村塾跡地に墓を建てられた。
馬董
春雨第二師団団長にして三凶星の一人。地球側の援軍として鬼兵隊らとともに天鳥船に突入するが、圓翔が敵侵入区域を爆破させ、爆破に巻き込まれて死亡した。
河上万斉
鬼兵隊の一員。天鳥船に突入し、高杉やまた子らとともに火之迦具土神の中枢部を目指すが、圓翔の敵侵入区域への爆破に巻き込まれかけたまた子を助けるため重傷を負い、高杉たちが中枢部に向かうまでの時間稼ぎを買って出る。大量の解放軍兵士たち相手に、死してもなお弦で自身の肉体を操り、最期は体に巻きつけた爆弾で敵兵もろとも自爆し死亡した。
圓翔
アルタナ解放軍の旗上げの一人で、惑星武嶺の皇子。虚によって天導衆が殺されたことで復讐すべき相手を失い、憎しみをぶつけるため停戦協定を破棄し、地球制圧に乗り出す。火之迦具土神を起動させ地球消滅を目論むが、桂・坂本・高杉の前に敗れ阻止される。自らの過ちを悟ったことで喜々からの和睦を受け入れるが、それに反発する解放軍の兵士に撃ち抜かれ死亡した。
一橋喜々（徳川喜々）
一橋家の現頭主であり、後の十五代目征夷大将軍。坂本らと共に宇宙へ渡り、アルタナ解放軍提督の紫雀との交渉の末に一時和平を結ぶことに成功したが、虚の謀略によって和平は破られ、解放軍の天鳥船に捕まっていく。同じく拘束されていた紫雀らと共に脱走し、解放軍の指揮を執っていた圓翔が敗れると、和平を持ち掛け天鳥船の墜落を防ごうとするが、暴走した解放軍の兵士が圓翔に向けて発射した銃弾の流れ弾に当たり致命傷を負ってしまう。一触即発となった両軍を最後の力を振り絞って制止し、「王無き時代が来る」と新しい時代に後を託しながら死んでいった。
柩
奈落三羽烏の一人。二年後、不死の血が尽きかけながらも星芒教を率いる天導衆の指示の下、かつての主である虚を取り戻すべく、虚の心臓を持つ銀時らを追跡。星芒教母船での決戦にて桂と対峙する。柩の目的は「虚の復活」ではなく、虚の永劫に渡る苦しみからの解放であり、戦闘の最中、桂が落とした虚の心臓を刀で貫いていく。「お前達には出来ぬことであろう、再び会えた師を終わらせることなど」と、虚の心臓を貫き役目を終えたことで息絶えていった。
虚
天照院奈落先代首領にして、天導衆の一角。銀時らに敗れアルタナの奔流へ落ちていった2年後、朧の血を取り込んだ高杉に宿り復活の時をうかがっていた。天導衆らによって松陽が復活した段階で高杉の身体を乗っ取り、松陽を斬り伏せようとするも、同じく高杉の中に宿っていた朧と高杉の抵抗で阻止され、むしろ自らの体に刀を突き刺されていく。致命傷を負った状態で銀時と戦うも、高杉の想いを乗せた銀時に斬り伏せられ消滅し高杉の姿に戻っていった。
高杉晋助
鬼兵隊の総督。天鳥船に乗り込み、地球落下の直前に天導衆幹部らの抹殺を図るが、解放軍の兵士の不意打ちにより瀕死の重傷を負ってしまう。死の間際、朧の遺骨を自分の心臓ごと貫くことで不死となり一命を取り留めるも、虚ではなく朧のかつ血液ではなく遺骨から力を得たため不完全で、余命幾許もない身となる。2年後、銀時と再会し共に松陽を救うため星芒教を率いる天導衆のいるターミナルへ突入。上層部で復活した松陽と再会するが、朧から取り込んだ因子に虚が潜んでおり、虚に身体を乗っ取られてしまう。が、同時に宿っていた朧とともに抵抗し、虚が松陽を斬り伏せようとするのを阻止。虚が銀時に敗れると意識を取り戻し、銀時の言葉を交わしながら息を引き取った。
吉田松陽
松下村塾を開いた男。その正体は天照院奈落の先代首領虚であり、激戦の末に銀時に敗れ龍脈に飲み込まれていく。2年後、龍穴へ流れ着き銀時に引き取られるが、奈落の残党の襲撃に遭い捕まり、星芒教の御神体とされる。星芒教が奪い取った龍脈の力で一時的な復活を遂げ、ターミナル上空で高杉と再会するが、高杉の内に潜んでいた虚と交戦となり、激しい戦いの末に致命的な一撃を食らい重傷を負うが、そ新八や神楽らに助けられる。そして、ターミナルの暴走を止めるため、コントロールルームにある大量のアルタナの奔流を自身の肉体にアルタナを起爆剤に逆流させ龍脈へと還し、銀時の成長と万事屋を見届けこの世を去っていった。
作中時点ですでに死亡しているキャラクター
平賀三郎
平賀源外の息子。鬼兵隊の一員として攘夷戦争に参加するも、幕府が早々に天人に迎合し、侍らを斬り捨てる方針にあった幕府によって粛清され打ち首にあった。
大吾
幾松の夫。攘夷志士によるテロで死んでしまっている。
橋田勘太郎
橋田賀兵衛の息子。幼少の頃から病弱で、使用人として来たお房と恋に落ち家を出て二人で暮らすが、賀兵衛に見つかり家に連れ戻されその後病で死亡した。
村田仁鉄
江戸随一の刀匠で村田鉄矢と村田鉄子の父親。作中ではすでに亡くなっている。
芙蓉
林流山の娘。病気で亡くなっている。
林流山
芙蓉プロジェクトの主任の博士。芙蓉プロジェクトの実験中に自身も実験体とし、過酷な実験で人格データを組み込んだ機械伍丸弐號となり、林流山自体は死亡した。
魔死呂威鬱蔵
下愚蔵の息子。下愚蔵が拾ってきた京次郎のほうが可愛がられてしまったこともあり、極道の跡目をつかずに「僕は僕の行きたいように生きる」と宣言するも反対され、首吊り自殺してしまった。
寺田辰五郎
かぶき町四天王の一人でお登勢の夫。攘夷戦争に参戦するが、次郎長を敵の銃弾からかばって死亡した。
土方為五郎
土方十四郎の腹違いの義兄。作中ではすでに亡くなっている。
鞘子
クサナギの妻のエクスカリバー星人。クサナギと離れ離れになり、様々な刀の鞘になることで生き延びるも、マガナギに狙われ破壊された。
十六代目池田夜右衛門
十七代目の義父で、十八代目の実父。かつて銀時を含む複数の罪人を恩情で逃してしおり、後にそれが発覚し切腹となった。
江華
神晃の妻で神威と神楽の母親。神晃と出会い告白を受け、「他の星では生きることはできない」ことを承知で共に徨安を去る。徨安のアルタナを得られなくなったことで身体は弱っていき、神晃が命を繋ぎ止めようと画策するも、完全に回復させることはできず神晃と神楽に看取られながら息を引き取った。
志村剣
新八と妙の父親。病だったようで、「たとえ剣を捨てる時代がきても魂におさめたそのまっすぐな剣だけはなくすな」と新八と妙に言い遺し死んでいった。
央国星皇帝
央国星の皇帝でドラゴニア、バルカス、ハタ皇子の父親。病に倒れ、次期王位継承権を巡る争いが起こる中、「次期皇帝はチンコがデカくて有能なやつ」という遺言を遺し死んでいった。
