作中で死亡してしまうキャラクター
佐々木異三郎
見廻組局長。黒縄島からの脱獄を図る近藤らを抹殺するべく、舞台を率いて黒縄島に乗り込み交戦。が、自身の計画を悟った奈落が参戦したことで三つ巴の混戦となり、近藤らと共闘していく。近藤の言葉で自身が信女を亡くなった娘に重ねていたことに気づき、満身創痍になりながらも再会した信女と共に船で脱出を図る。が、やられていたと思われていた敵兵の奇襲から身を挺して信女をかばったところに、敵の砲撃が船に直撃し、足場が破壊され落下していく。「信女さん、メールやっと届きましたよ」と満足気な顔を浮かべながら船から落下し、死んでいった。
獅嶺
春雨第一師団団長。烙陽での戦いで星海坊主と交戦しようとするも、突如現れた神楽に両断され死亡した。
朧
天照院奈落の首領格の男。烙陽決戦篇で、度重なる戦闘で幾度も致命傷を負ったことで不死の血をもってしても限界を迎えており、その中で弟弟子である高杉の前に立ちはだかり交戦。高杉に敗れると不死の血も枯れ果て、高杉に虚の正体と目的を伝え、「虚を倒せ」と遺言を残し死んでいった。遺体は高杉に引き取られ、松下村塾跡地に墓を建てられた。
作中時点ですでに死亡しているキャラクター
江華
神晃の妻で神威と神楽の母親。神晃と出会い告白を受け、「他の星では生きることはできない」ことを承知で共に徨安を去る。徨安のアルタナを得られなくなったことで身体は弱っていき、神晃が命を繋ぎ止めようと画策するも、完全に回復させることはできず神晃と神楽に看取られながら息を引き取った。
志村剣
新八と妙の父親。不器用で義理人情に厚いお人好しで、その性格につけこまれて友人に借金を背負い込まされたまま死んでしまう。作中時点ではすでに故人。
央国星皇帝
央国星の皇帝でドラゴニア、バルカス、ハタ皇子の父親。病に倒れ、次期王位継承権を巡る争いが起こる中、「次期皇帝はチンコがデカくて有能なやつ」という遺言を遺し死んでいった。