作中で死亡するキャラクター
金倉
童実野美術館の館長。遊戯から「展示品として一日だけ貸してくれ」と千年パズルを借り、それを勝手に売り払って金儲けしようとしていく。が、墓守の血族としてその悪行を裁きにきたシャーディーに闇のゲームを挑まれ、ゲームに敗北した裁きとしてアメミットに襲われたショックで心臓破裂を起こし死亡した。
チョップマン
DEATH-Tの殺人の館の責任者。遊戯たちがギロチンクイズをクリアすると、城之内とチェーンソーデスマッチで対決。手錠を外した城之内が燭台とともに手錠を扉にくくりつけ、それに気づかず鎖を引っ張ってしまい、床に撒かれた油に蝋燭が落ち焼け死んでいった。
キース・ハワード（バンデット・キース）
全米一のカードプロフェッサーとして名を馳せたデュエリスト。決闘者の王国に参加し、決勝トーナメントまで進み城之内と対決。城之内に敗れ脱落となると、ペガサスへの復讐と賞金が諦めきれず、ペガサスの前に現れナイフで脅迫していく。が、数々の不正行為と規定違反をペガサスに宣告され、手がピストルに変わり勝手に自身のこめかみを撃ち抜く罰ゲームを浴びていく。これにより魂を砕かれ死亡した。
ペガサス・J・クロフォード
マジック＆ウィザーズの生みの親にしてインダストリアル・イリュージョン社名誉会長。決闘者の王国で優勝した遊戯と対決。遊戯に敗れるも遊戯から罰を与えられることはなかったが、千年眼を狙う闇バクラに襲われ千年眼を奪われ殺された。
作中時点ですでに死亡しているキャラクター
海馬剛三郎
海馬コーポレーションの先代社長で海馬兄弟の養父。海馬兄弟を養子にすると後継者にするために虐待染みた英才教育を瀬人に行うが、そのせいで5年後には力をつけた瀬人側に多くの社員が付き会社を乗っ取られてしまう。自身の敗北を認めると負けた者の末路として、瀬人の目の前で自社ビルの窓ガラスを突き破り飛び降り自殺を図り死亡した。
シンディア
ペガサスの恋人だった資産家令嬢の女性。病によって17歳にして死んでしまった。
