作中で死亡するキャラクター
ライダー（メドゥーサ）
ライダークラスのサーヴァント。ビルでの戦いでセイバーと交戦。セイバーの約束された勝利の剣（エクスカリバー）による一撃をもろに食らった後、間桐の令呪による命令でビルから落下した慎二を助けた後に消滅していった。
葛木宗一郎
穂群原学園の教師でキャスターのマスター。キャスターに加え、セイバー・アーチャーを従え、衛宮・遠坂・ランサーと交戦。キャスターが戦いに気を取られ監視の目が緩んだ隙に裏切ってきたアーチャーに射抜かれ死亡した。
アサシン（佐々木小次郎）
アサシンクラスのサーヴァント｡キャスターにより召喚されていたため、キャスターが破れた後に消滅していった。
アーチャー（エミヤ）
アーチャークラスのサーヴァント。イリヤ邸から衛宮を救出して逃げる際、イリヤとバーサーカーに待ち伏せされ、遠坂の命で一人で囮役を請け負い、バーサーカーに6度の致命傷を負わせるも敗れ死亡した。
バーサーカー（ヘラクレス）
バーサーカークラスのサーヴァント。イリヤ邸から逃走した衛宮らを追い、セイバーと交戦。遠坂の奇襲で命を落とすも宝具十二の試練の効果で12もの命があるため復活。衛宮がエクスカリバーを投影し、セイバーとともに振るった一刀で七度身を滅ぼされ消滅した。
キャスター（メディア）
キャスタークラスのサーヴァント。衛宮・登坂・ランサーが冬木教会に戦いに来ると、遠坂と交戦。キャスターの命令に背いて自害しようとするセイバーを衛宮が庇ったことで瀕死となり、衛宮に止めを刺そうとした瞬間に裏切ったアーチャーに狙撃されるも、葛木が庇って致命傷を負う。葛木が死んで繊維も喪失していたところをアーチャーに止めを刺されたが死んだように欺いていただけで生存しており、葛木を甦らせるべく「聖杯さえ手に入れば私は宗一郎様を取り戻せる」と錯乱しながら衛宮らに襲いかかる。セイバーと交戦しようとした瞬間にギルガメッシュが現れ、無数の剣に刺され死亡した。
ライダー（クー・フーリン）
ランサークラスのサーヴァント。冬木教会の地下で言峰の命に逆らい自ら契約を切りギルガメッシュと交戦。衛宮らを逃がし、ギルガメッシュに敗れ死亡した。
アーチャー（ギルガメッシュ）
アーチャークラスのサーヴァントで英雄王。セイバーと交戦し、エアによる天地乖離す開闢の星を衛宮が投影したセイバーの全て遠き理想郷で防がれ、約束された勝利で両断され消滅した。
言峰綺礼
冬木教会の神父。衛宮と交戦し、この世全ての悪（アンリマユ）で精神崩壊させようとするが耐えられ、心臓にゼルレッチを突き刺された上ありったけの魔力を叩き込まれ倒れていった。
セイバー（アルトリア・ペンドラゴン）（アーサー王）
セイバークラスのサーヴァント。ギルガメッシュに勝利し、衛宮の命呪によって聖杯を破壊したことで契約が終了となり、「シロウ、貴方を愛している」と告げ消滅していった。
作中時点ですでに死亡しているキャラクター
衛宮切嗣
衛宮士郎の養父であり、イリヤスフィール・フォン・アインツベルンの実父。聖杯の泥によって衰弱し、作中時点の5年前に亡くなっている。
モードレッド
モルガンとアーサーの息子。遠征先でアーサーを裏切り、駆けつけたアーサーと差し違える形で死亡した。
