作中で死亡するキャラクター
鵜堂刃衛
元新撰組の人斬り。神谷薫を拉致し剣心に決闘を挑み、怒った剣心が抜刀斎に覚醒したことで戦闘不能状態まで追いやられる。薫の叫びで剣心が我に返ると、「まだ後始末が残ってるさ」と自身に人斬りを依頼した維新政府の黒幕を特定されぬよう自ら刀で心臓を貫き自害した。
癋見
隠密御庭番衆下位隠密。観柳邸での戦いで火男の樽に潜んで裏切った観柳に奇襲をかけるが、一歩及ばず観柳の回転式機関砲の乱射を受け死亡した。
般若
隠密御庭番衆、密偵方の上位隠密。観柳邸での戦いで剣心に敗れた後、裏切った観柳の回転式機関砲の囮となり死亡した。
式尉
隠密御庭番衆、本丸警護方の上位隠密。観柳邸での戦いで左之助に敗れた後、裏切った観柳の回転式機関砲から蒼紫を守るため、自分の身体を盾にかばい死亡した。
火男（ひょっとこ）
隠密御庭番衆、中位隠密。観柳が裏切ると、背中の樽に癋見を潜ませながら特攻し、機関砲で撃ち抜かれ死亡した。
赤末有人
渋海の暗殺組織に所属する暗殺屋。斎藤が大久保利通の手先ということを知ると、臆して逃亡しようとするが、斎藤に首を刎ねられ死亡した。
渋海
元老院議官書記。斎藤一と大久保利通の関係性を知ると、斎藤に金を与えて大久保の弱味を握り、あわよくば大久保を失脚させて内務卿の地位を乗っ取ろうと企てるが、斎藤には買収工作は通用せず斬殺された。
阿武隈四入道
志々雄真実の部下の四人の破戒僧。四乃森蒼紫を志々雄一派へ勧誘するがあしらわれ、蒼紫の志々雄を愚弄する発言にブチギレ襲いかかるも、小太刀二刀流によって斬り刻まれて死亡した。
三島栄一郎
栄次の兄。警視庁の密偵として新月村に潜入するも、正体がバレ尖角やその配下の兵に襲撃され致命傷を負う。その後、剣心と操に「オレの弟と村を志士雄の連中から救ってくれ」と頼み死亡した。
作中ですでに死亡しているキャラクター
神谷越路郎
神谷薫の父親。警視庁抜刀隊の一員として西南戦争に駆り出され戦死した。
相楽総三
赤報隊隊長。偽官軍とされ維新志士側に処刑された。
高荷隆生
高荷恵の父親。会津戦争で医者として戦場に赴き戦死した。
新井赤空
刀工。明治3年に他界している。
霞
心太が人買いに買われた時に会った女。野盗に殺されている。
茜
心太が人買いに買われた時に会った女。野盗に殺されている。
