作中で死亡するキャラクター
金倉
童実野美術館の館長。遊戯から「展示品として一日だけ貸してくれ」と千年パズルを借り、それを勝手に売り払って金儲けしようとしていく。が、墓守の血族としてその悪行を裁きにきたシャーディーに闇のゲームを挑まれ、ゲームに敗北した裁きとしてアメミットに襲われたショックで心臓破裂を起こし死亡した。
チョップマン
DEATH-Tの殺人の館の責任者。遊戯たちがギロチンクイズをクリアすると、城之内とチェーンソーデスマッチで対決。手錠を外した城之内が燭台とともに手錠を扉にくくりつけ、それに気づかず鎖を引っ張ってしまい、床に撒かれた油に蝋燭が落ち焼け死んでいった。
キース・ハワード（バンデット・キース）
全米一のカードプロフェッサーとして名を馳せたデュエリスト。決闘者の王国に参加し、決勝トーナメントまで進み城之内と対決。城之内に敗れ脱落となると、ペガサスへの復讐と賞金が諦めきれず、ペガサスの前に現れナイフで脅迫していく。が、数々の不正行為と規定違反をペガサスに宣告され、手がピストルに変わり勝手に自身のこめかみを撃ち抜く罰ゲームを浴びていく。これにより魂を砕かれ死亡した。
ペガサス・J・クロフォード
マジック＆ウィザーズの生みの親にしてインダストリアル・イリュージョン社名誉会長。決闘者の王国で優勝した遊戯と対決。遊戯に敗れるも遊戯から罰を与えられることはなかったが、千年眼を狙う闇バクラに襲われ千年眼を奪われ殺された。
闇マリク
マリクの闇人格。バトルシティ決勝で闇遊戯と対戦。デュエルの最中、意識を取り戻したリシドが姿を現し、闇遊戯のディメンション・マジックの効果で融合状態にあったラーを破壊された際に肉体の主導権を取られ、自身が闇のゲームの生贄となってしまう。そして、マリクがサレンダーしたことで完全に消滅した。
マハード
千年輪を所有しているファラオに仕える六神官の一人。バクラをアクナムカノン王墓に誘い込み戦いを挑むも、バクラの王墓の罠を利用する戦術に翻弄され返り討ちにされる。が、最期に自らの命を犠牲にした精霊魔導士の最終奥義を行い、肉体は罠によって潰されたが、魂（バー）を精霊（カー）「幻想の魔術師」と融合させ、ブラック・マジシャンとなって死後もファラオに仕え続けた。
カリム
千年秤を所有するファラオに仕える六神官の一人。クル・エルナ村の地下神殿でのディアバウンドとの戦いに他神官と共に参戦し、魔物融合で竜魔騎士デュオス・ドラゴンを召喚するが、ディアバウンドの尻尾部分が攻撃してくることに気付けず体を貫かれ死亡する。
盗賊王バクラ
クル・エルナ村唯一の生き残り。千年アイテムを奪い力を増しながら、クル・エルナ村の地下神殿にある冥界の石版に千年アイテムを収め闇の力を得ようとするが、アテムと六神官によりディアバウンドを倒され阻止され、闇のRPGの駒だったことが明らかになりながらゲームのルールにより砂と化していった。
キサラ
魔物「白き龍」を宿す少女。セトを闇の世界の王とすることを目論むアクナディンにより、白き龍の力をセトに宿すために殺された。
シャダ
千年錠所有者のファラオに仕える六神官の一人。大邪神ゾーク・ネクロファデスの攻撃からアテムをかばい死亡した。
シモン・ムーラン
千年錠先代所有者でアテムの側近。シャダが戦死すると千年錠を手に王宮の守護神エクゾディアを召喚しゾークと交戦するも、ゾークのダークフェノメノンによってエクゾディアを真っ二つにされ、魂（バー）が尽き死亡した。
ハサン
闇RPGの幻のNPC。ゾークの復活と共にアテムの元に現れ共に戦うが、最期はアテムをゾークの攻撃からかばい消滅していった。
大邪神ゾーク・ネクロファデス
冥界に君臨する大邪神。アクナディンが冥界の石版に千年アイテムを揃えたことで復活。ブラック・マジシャンやエクゾディアを圧倒しアテムや神官らを追い詰めるも、遊戯ら仲間たちのおかげでアテムが名前を思い出したことで三幻神を同時に召喚、そして融合しホルアクティを呼び出していく。ホルアクティのジェセルにより滅ぼされた。
アクナディン
千年眼を所有するファラオに仕える六神官の一人。盗賊王バクラによって千年眼に注ぎ込まれた邪念で心の闇が増幅し、闇の大神官の魂と邂逅。徐々に邪念に影響され狂、最終的に冥界の石版に七つの千年アイテムを納めゾークを復活させ、ゾークの力で闇の大神官と化しファラオに戦いを挑んでいく。ゾークが敗れるとセトに白き龍の力を宿すためにキサラを殺害し、自らも崖から飛び降り命を絶ち、セトの心に入り込んで支配し王にならせようとしたが、セトを闇から救おうとするキサラの光により消滅した。
闇バクラ
獏良了の闇人格。闇遊戯に闇RPGを挑むが、ゾークが敗れ手駒のアクナディンもキサラの白き龍に消滅させられ完全敗北し消滅した。
闇遊戯（アテム）
武藤遊戯のもう一人の人格。闘いの儀で遊戯に敗れ、仲間たちに別れを告げ冥界へ還っていった。
作中時点ですでに死亡しているキャラクター
海馬剛三郎
海馬コーポレーションの先代社長で海馬兄弟の養父。海馬兄弟を養子にすると後継者にするために虐待染みた英才教育を瀬人に行うが、そのせいで5年後には力をつけた瀬人側に多くの社員が付き会社を乗っ取られてしまう。自身の敗北を認めると負けた者の末路として、瀬人の目の前で自社ビルの窓ガラスを突き破り飛び降り自殺を図り死亡した。
シンディア
ペガサスの恋人だった資産家令嬢の女性。病によって17歳にして死んでしまった。
イシュタール家先代長
マリク、イシズの父親。マリクが外に出る手伝いをリシドがしていたことを知ると、リシドに制裁を与えていき、リシドが意識を失ったことで闇マリクが覚醒。千年ロッドを手にした闇マリクに刺殺された。
ムシャラ
双六を王家の谷に案内した現地人。双六とともに王家の谷の王墓に足を踏み入れるも、一つ目のゲームで石像に剣で貫かれ死亡した。
アクナムカノン王
先代ファラオであり、アテムの父親。アクナディンが提案した千年アイテム創造を容認するが、マハードからその際に多くの血が流れたことを知らされ、苦悩の末に病に倒れ病死した。
