作中で死亡するキャラクター
鵜堂刃衛
元新撰組の人斬り。神谷薫を拉致し剣心に決闘を挑み、怒った剣心が抜刀斎に覚醒したことで戦闘不能状態まで追いやられる。薫の叫びで剣心が我に返ると、「まだ後始末が残ってるさ」と自身に人斬りを依頼した維新政府の黒幕を特定されぬよう自ら刀で心臓を貫き自害した。
癋見
隠密御庭番衆下位隠密。観柳邸での戦いで火男の樽に潜んで裏切った観柳に奇襲をかけるが、一歩及ばず観柳の回転式機関砲の乱射を受け死亡した。
般若
隠密御庭番衆、密偵方の上位隠密。観柳邸での戦いで剣心に敗れた後、裏切った観柳の回転式機関砲の囮となり死亡した。
式尉
隠密御庭番衆、本丸警護方の上位隠密。観柳邸での戦いで左之助に敗れた後、裏切った観柳の回転式機関砲から蒼紫を守るため、自分の身体を盾にかばい死亡した。
火男（ひょっとこ）
隠密御庭番衆、中位隠密。観柳が裏切ると、背中の樽に癋見を潜ませながら特攻し、機関砲で撃ち抜かれ死亡した。
赤末有人
渋海の暗殺組織に所属する暗殺屋。斎藤が大久保利通の手先ということを知ると、臆して逃亡しようとするが、斎藤に首を刎ねられ死亡した。
渋海
元老院議官書記。斎藤一と大久保利通の関係性を知ると、斎藤に金を与えて大久保の弱味を握り、あわよくば大久保を失脚させて内務卿の地位を乗っ取ろうと企てるが、斎藤には買収工作は通用せず斬殺された。
阿武隈四入道
志々雄真実の部下の四人の破戒僧。四乃森蒼紫を志々雄一派へ勧誘するがあしらわれ、蒼紫の志々雄を愚弄する発言にブチギレ襲いかかるも、小太刀二刀流によって斬り刻まれて死亡した。
三島栄一郎
栄次の兄。警視庁の密偵として新月村に潜入するも、正体がバレ尖角やその配下の兵に襲撃され致命傷を負う。その後、剣心と操に「オレの弟と村を志士雄の連中から救ってくれ」と頼み死亡した。
魚沼宇水
十本刀の一人。志々雄のアジトで斎藤と交戦。牙突零式で上半身を吹き飛ばされ死亡した。
駒形由美
志々雄の愛人。剣心と志々雄の最終決戦にて、死闘の末志々雄が限界に達すると、剣心と志々雄の間に割って入り命乞いをするが、志々雄に剣心もろとも突き刺され、「初めて志々雄様の戦いの場で役に立てた」と喜び、志々雄に看取られながら死んでいった。
志士雄真実
志々雄一派統率者。剣心との死闘の末、止めの一突きを放とうとした瞬間に限界を迎え人体発火を起こし、業火に焼かれ死んでいった。
佐渡島方治
十本刀の一人。志士雄の死後、自首して法廷の場で志々雄の弱肉強食論を世間に知らしめることを決意するが、志々雄の影響を世間に与えないため法廷で語る場さえ与えられず、明治政府の弱体、腐敗ぶりに絶望。牢獄内で隠し持っていた小刀で自害した。
外印
六人の同志の一人。屍人形を回収しに来たところをその動きを予測して待ち構えていた蒼紫と交戦。実力では敵わないと見て降参する振りをし、斬鋼線の罠に蒼紫を誘い込んで屍人形の隠し場所を問い詰めたところ、蒼紫が人形を焼却処分したことを知り激怒し、火を放って焼き殺そうとするも、斬鋼線を逆手に取られて引き込まれ焼死した。
作中ですでに死亡しているキャラクター
神谷越路郎
神谷薫の父親。警視庁抜刀隊の一員として西南戦争に駆り出され戦死した。
相楽総三
赤報隊隊長。偽官軍とされ維新志士側に処刑された。
高荷隆生
高荷恵の父親。会津戦争で医者として戦場に赴き戦死した。
新井赤空
刀工。明治3年に他界している。
霞
心太が人買いに買われた時に会った女。野盗に殺されている。
茜
心太が人買いに買われた時に会った女。野盗に殺されている。
太助
十楽寺の孤児。安慈の外出中に廃仏毀釈にかこつけて寺を村人らに放火され焼死した。
吾郎
十楽寺の孤児。安慈の外出中に廃仏毀釈にかこつけて寺を村人らに放火され焼死した。
椿
十楽寺の孤児。安慈の外出中に廃仏毀釈にかこつけて寺を村人らに放火され焼死した。
石地
京都見廻組の一員。重倉の護衛として抜刀斎の前に立ち塞がるが斬殺される。
重倉十兵衛
京都所司代。長州派維新志士から暗殺対象に挙げられ、抜刀斎に斬殺された。
清里明良
京都見廻組の一員。1864年（元治元年）4月の夜、重倉の護衛として抜刀斎に立ち向かうも惨殺された。
村上
闇乃武の一員。抜刀斎を闇討ちするが斬殺された。
中条
闇乃武の一員。手紙を読み巴のいる結界の森に来た抜刀斎を奇襲するも、両腕を斬り落とされたことで逃走。洞窟に逃げ込み、自爆の轟音で抜刀斎の聴力を奪い死亡した。
角田
闇乃武の一員。結界の森でで抜刀斎に襲いかかるが、両足を斬られ戦闘不能となり閃光爆弾で自爆。抜刀斎の視力を一時的に奪い死亡した。
雪代巴（緋村巴）
剣心の元妻。元々闇乃武の手先だったが、抜刀斎を誘き出すための餌として闇乃武に拉致され、自分を取り返すべく闇乃武と戦う抜刀斎を守るべく辰巳との間に割って入り、辰巳もろとも抜刀斎に惨殺された。
辰巳
闇乃武のリーダー。結界の森で数々の策で抜刀斎を追い詰めるも、最後は巴と共に斬殺された。
高杉晋作
長州派維新志士で、奇兵隊創設者。長州征伐の二年後に病が悪化し死亡した。
西郷隆盛
薩摩藩士。西南戦争の最中、明治10年の5月に脳病で他界した。
